A Educação Diferenciada respeita e valoriza a cultura e os saberes do território, está conectada com a realidade local e global e promove autonomia buscando qualidade de vida de forma sustentável. O trabalho realizado pelo OTSS através do “Programa de Formação para Territórios Sustentáveis e Saudáveis da Bocaina: Comunidades Autônomas e Saberes Livres (CASA Livre)” tem uma metodologia de pesquisa-ação orientada por princípios formativos relacionados à ecologia de saberes (SANTOS,2007) e à pedagogia da autonomia (FREIRE, 1996) e atua com a educação diferenciada em diferentes “frentes”: educação escolar diferenciada, educação popular e formações acadêmicas.​

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Educação Escolar Diferenciada - A importância estratégica da educação escolar diferenciada fica evidente para o Fórum de Comunidades Tradicionais (FCT) na medida em que se reconhecem duas grandes exclusões que ameaçam profundamente a sobrevivência dos modos tradicionais de vida dessas comunidades. Uma primeira exclusão, mais urgente, é a simples impossibilidade de acesso à educação escolar, vivenciada por muitas comunidades que não têm acesso nem mesmo ao ensino fundamental completo (1º ao 9º ano). Uma segunda exclusão, mais profunda, é a negação dos saberes e valores tradicionais pelo modelo político-pedagógico das escolas acessíveis a algumas dessas comunidades. Dessa forma, atuamos no sentido de buscar a ampliação do acesso à educação escolar nos territórios tradicionais e também da implantação de uma política de educação que considere as circunstâncias específicas destes territórios e se baseie em princípios político-pedagógicos que gerem autonomia para alunos, docentes e comunidade. Nesse sentido, o OTSS apoia o Instituto de Educação de Angra dos Reis da Universidade Federal Fluminense  (IEAR/UFF), que promove o Programa "Escolas do Território", um  programa de formação de professores de escolas caiçaras e quilombolas (junto à Secretaria Municipal de Educação de Paraty) e indígenas (junto à Secretaria Estadual de Educação do Rio de Janeiro). Tambem articula e apoia outros parceiros institucionais como o Colégio Pedro II, que participa do programa. Por fim, também atuamos no diálogo junto aos gestores públicos, a fim de garantir cada vez mais os direitos das comunidades à educação pública, gratuita, de qualidade e diferenciada.

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Educação Popular - A educação popular, na perspectiva de Paulo Freire, compreende uma prática educativa libertadora e emancipatória onde os seres humanos aprendem uns com os outros em um constante processo de observação crítica sobre a realidade em que estão imersos, de assunção de sua identidade cultural e tomada de consciência coletiva acerca das práticas sociais que os fazem seres humanos. O OTSS busca colocar em prática essa perspectiva em seus processos formativos nas diferentes áreas: promoção da justiça socioambiental, educação diferenciada e educação popular, incubadora de tecnologias sociais (saneamento ecológico, agroecologia e turismo de base comunitária), governança, monitoramento e avaliação.

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Formações acadêmicas – o OTSS acolhe estagiários e residentes de diferentes instituições que se interessam pelas temáticas desenvolvidas pelo projeto. Ainda, atualmente, está em processo de planejamento de uma pós-graduação em “Gestão de Territórios e Saberes”, que será oferecida pelo Instituto de Educação de Angra dos Reis da Universidade Federal Fluminense (IEAR - UFF), em parceria conosco. Além disso, tem a perspectiva de implantar diferentes formações no território, com vistas a criar, futuramente, a Universidade Livre da Bocaina.